Mejorando la Ciencia Abierta Usando Datos Abiertos Enlazados: Caso de Uso CONICET Digital

Los servicios de publicación científica están cambiando drásticamente, los investigadores demandan servicios de búsqueda inteligentes para descubrir y relacionar publicaciones científicas. Los editores deben incorporar información semántica para organizar mejor sus activos digitales y hacer que las publicaciones sean más visibles. En este documento, presentamos el trabajo en curso para publicar un subconjunto de publicaciones científicas de CONICET Digital como datos abiertos enlazados. El objetivo de este trabajo es mejorar la recuperación y la reutilización de datos a través de tecnologías de Web Semántica y Datos Enlazados en el dominio de las publicaciones científicas. Para lograr estos objetivos, se han tenido en cuenta los estándares de la Web Semántica y los esquemas RDF (Dublín Core, FOAF, VoID, etc.). El proceso de conversión y publicación se basa en las pautas metodológicas para publicar datos vinculados de gobierno. También describimos como estos datos se pueden vincular a otros conjuntos de datos como DBLP, Wikidata y DBPedia. Finalmente, mostramos algunos ejemplos de consultas que responden a preguntas que inicialmente no permite CONICET Digital.Scientific publication services are changing drastically, researchers demand intelligent search services to discover and relate scientific publications. Publishersneed to incorporate semantic information to better organize their digital assets and make publications more discoverable. In this paper, we present the on-going work to publish a subset of scientific publications of CONICET Digital as Linked Open Data. The objective of this work is to improve the recovery andreuse of data through Semantic Web technologies and Linked Data in the domain of scientific publications.To achieve these goals, Semantic Web standards and reference RDF schema?s have been taken into account (Dublin Core, FOAF, VoID, etc.). The conversion and publication process is guided by the methodological guidelines for publishing government linked data. We also outline how these data can be linked to other datasets DBLP, WIKIDATA and DBPEDIA on the web of data. Finally, we show some examples of queries that answer questions that initially CONICET Digital does not allowFil: Zárate, Marcos Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Centro para el Estudio de Sistemas Marinos; ArgentinaFil: Carlos Buckle. Universidad Nacional de la Patagonia "San Juan Bosco"; ArgentinaFil: Mazzanti, Renato. Universidad Nacional de la Patagonia "San Juan Bosco"; ArgentinaFil: Samec, Gustavo Daniel. Universidad Nacional de la Patagonia "San Juan Bosco"; Argentin

Free-living marine nematodes from San Antonio Bay (Río Negro, Argentina)

The dataset of free-living marine nematodes of San Antonio Bay is based on sediment samples collected in February 2009 during doctoral theses funded by CONICET grants. A total of 36 samples has been taken at three locations in the San Antonio Bay, Santa Cruz Province, Argentina on the coastal littoral at three tidal levels. This presents a unique and important collection for benthic biodiversity assessment of Patagonian nematodes as this area remains one of the least known regions. In total 7,743 specimens of free-living marine nematodes belonging to two classes, eight orders, 37 families, 94 genera and 104 species were collected.Fil: Villares, Maria Gabriela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Nacional Patagónico; ArgentinaFil: Lo Russo, Virginia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Instituto de Diversidad y Evolución Austral; ArgentinaFil: Pastor, Catalina Teresa. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Instituto de Diversidad y Evolución Austral; ArgentinaFil: Milano, Viviana. Universidad Nacional de la Patagonia; ArgentinaFil: Miyashiro, Lidia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Nacional Patagónico; ArgentinaFil: Mazzanti, Renato. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Nacional Patagónico; Argentin

Desarrollo de aplicaciones Web utilizando herramientas FLOSS : Una experiencia en el CENPAT-CONICET

El proyecto tiene como objetivo evaluar distintas herramientas FLOSS, definir una arquitectura de software para el desarrollo de aplicaciones Web y realizar un desarrollo aplicando las herramientas y arquitectura seleccionada. Actualmente existen varios proyectos de ley que fomentan la utilización de herramientas FLOSS en entes estatales. Por otro lado otras instituciones de investigación científica han priorizado el uso de este tipo de herramientas [1]. Siguiendo este lineamiento, nuestra intención es utilizar las mismas en el desarrollo de aplicaciones que el CENPAT necesita informatizar.Eje: Ingeniería de Software y Base de DatosRed de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

Desarrollo de aplicaciones Web utilizando herramientas FLOSS : Una experiencia en el CENPAT-CONICET

El proyecto tiene como objetivo evaluar distintas herramientas FLOSS, definir una arquitectura de software para el desarrollo de aplicaciones Web y realizar un desarrollo aplicando las herramientas y arquitectura seleccionada. Actualmente existen varios proyectos de ley que fomentan la utilización de herramientas FLOSS en entes estatales. Por otro lado otras instituciones de investigación científica han priorizado el uso de este tipo de herramientas [1]. Siguiendo este lineamiento, nuestra intención es utilizar las mismas en el desarrollo de aplicaciones que el CENPAT necesita informatizar.Eje: Ingeniería de Software y Base de DatosRed de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

A non-traditional approach to cryopreservation by ultra-rapid cooling for human mesenchymal stem cells

Cryopreservation is the most common method for long-term cell storage. Successful cryopreservation of cells depends on optimal freezing conditions, freezer storage and a proper thawing technique to minimize the cellular damage that can occur during the cryopreservation process. These factors are especially critical for sensitive stem cells with a consequential and significant impact on viability and functionality. Until now, slow-freezing has been the routine method of cryopreservation but, more recently rapid-cooling techniques have also been proposed. In this study, an ultra-rapid cooling technique [1] was performed for the first time on human mesenchymal stem cells and the effectiveness evaluated in comparison with the conventional slow-freezing procedure. A thin nylon-membrane carrier was used combined with different cryoprotective agents: dimethyl sulfoxide, ethylene glycol and/or trehalose. Various aspects of the low cryoprotective doses and the ultra-rapid cooling procedure of the human mesenchymal stem cells were examined including: the physical properties of the nylon-support, cells encumbrance, viability, proliferation and differentiation. The expression of cell surface markers and apoptosis were also investigated. The study used an ultra-rapid cooling/warming method and showed an overall cell integrity preservation (83-99%), with no significant differences between dimethyl sulfoxide or ethylene glycol treatment (83-87%) and a substantial cell viability of 68% and 51%, respectively. We confirmed a discrepancy also observed by other authors in cell viability and integrity, which implies that caution is necessary when assessing and reporting cell viability data

PDA – Portal DiGIR Ampliado : Consultas distribuidas sobre bases de datos heterogéneas a través de Internet

La interacción entre biodiversidad y la informática (bioinformática) ha sido de vital importancia en el ámbito de la biología, tanto para la clasificación de especimenes como para las tareas de protección del medioambiente. Un ejemplo es el proyecto DiGIR, el cual a través de su portal permite consultas distribuidas sobre bases de datos heterogéneas almacenadas en diferentes centros de investigación para obtener información sobre colecciones. El Portal DiGIR Ampliado (PDA) resultante de este trabajo colabora con el proyecto DiGIR, ampliando las potencialidades de su portal con el objetivo de ser utilizado para la Red de Colecciones Biológicas Argentinas y con el objetivo de contribuir con la comunidad internacional de desarrolladores del proyecto, aportando una nueva versión para su CVS.The interaction between biodiversity and computer science (bioinformatic) has been of vital importance within the scope of Biology, as much for the specimen classification as for the tasks of protection of the environment. An example is the DiGIR project, which through its portal allows queries on heterogeneous data bases stored in different research centers to obtain data about collections. The Enhanced DiGIR Portal (EDP) resulting of this work contributes with the DiGIR project, extending the limits of the DiGIR portal with the goal of being used by the Network of Argentine Biological Collections. It contributes also with the international developers community of the project, adding a new version for its CVS.Eje: Ingeniería de Software y Base de DatosRed de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

PDA – Portal DiGIR Ampliado : Consultas distribuidas sobre bases de datos heterogéneas a través de Internet

La interacción entre biodiversidad y la informática (bioinformática) ha sido de vital importancia en el ámbito de la biología, tanto para la clasificación de especimenes como para las tareas de protección del medioambiente. Un ejemplo es el proyecto DiGIR, el cual a través de su portal permite consultas distribuidas sobre bases de datos heterogéneas almacenadas en diferentes centros de investigación para obtener información sobre colecciones. El Portal DiGIR Ampliado (PDA) resultante de este trabajo colabora con el proyecto DiGIR, ampliando las potencialidades de su portal con el objetivo de ser utilizado para la Red de Colecciones Biológicas Argentinas y con el objetivo de contribuir con la comunidad internacional de desarrolladores del proyecto, aportando una nueva versión para su CVS.The interaction between biodiversity and computer science (bioinformatic) has been of vital importance within the scope of Biology, as much for the specimen classification as for the tasks of protection of the environment. An example is the DiGIR project, which through its portal allows queries on heterogeneous data bases stored in different research centers to obtain data about collections. The Enhanced DiGIR Portal (EDP) resulting of this work contributes with the DiGIR project, extending the limits of the DiGIR portal with the goal of being used by the Network of Argentine Biological Collections. It contributes also with the international developers community of the project, adding a new version for its CVS.Eje: Ingeniería de Software y Base de DatosRed de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

Free-living marine nematodes from San Julián Bay (Santa Cruz, Argentina)

The free-living marine nematodes of San Julián Bay dataset is based on sediment samples collected in January 2009 during the project PICT AGENCIA-FONCYT 2/33345-2005. A total of 36 samples have been taken at three locations in the San Julián Bay, Santa Cruz Province, Argentina on the coastal littoral at three tidal levels. This presents a unique and important collection for the nematode benthic biodiversity assessment as this area remains one of the least known regions in Patagonia. In total 10,030 specimens of free-living marine nematodes belonging to 2 classes, 9 orders, 35 families, 78 genera and 125 species were collected. The San Julián city site presented a very high species richness.Fil: Pastor, Catalina Teresa. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Nacional Patagónico; ArgentinaFil: Lo Russo, Virginia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Nacional Patagónico; ArgentinaFil: Villares, Maria Gabriela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Nacional Patagónico; ArgentinaFil: Milano, Viviana. Universidad Nacional de la Patagonia; ArgentinaFil: Miyashiro, Lidia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Nacional Patagónico; ArgentinaFil: Mazzanti, Renato. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Nacional Patagónico; Argentin

Asistencia a la identificación de especies botánicas del NE del Chubut a través de aplicaciones basadas en ontologías

La determinación de especies botánicas dista de ser trivial. El enfoque mayormente aplicado consiste en utilizar claves dicotómicas que a través de una serie preestablecida de observaciones, ayudan al experto a determinar la identidad de una planta. Estas claves se materializan en voluminosas publicaciones que incluyen un extenso conjunto de especies, las que raramente coexisten en un sitio, y requieren reconocer caracteres sutiles, o el uso de instrumentos de laboratorio. El proceso es complejo, y resulta inviable cuando se debe completar en campo. Esta línea de investigación, desarrollo e innovación apunta a definir y desarrollar aplicaciones basadas en ontologías para asistir en la determinación de especies a investigadores botánicos del NE de la provincia del Chubut. Estas aplicaciones deberán funcionar, tanto en laboratorio como en campo, sin seguir una secuencia preestablecida, ajustándose a las características reconocidas por el usuario.Eje: Ingeniería de SoftwareRed de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

Asistencia a la identificación de especies botánicas del NE del Chubut a través de aplicaciones basadas en ontologías

La determinación de especies botánicas dista de ser trivial. El enfoque mayormente aplicado consiste en utilizar claves dicotómicas que a través de una serie preestablecida de observaciones, ayudan al experto a determinar la identidad de una planta. Estas claves se materializan en voluminosas publicaciones que incluyen un extenso conjunto de especies, las que raramente coexisten en un sitio, y requieren reconocer caracteres sutiles, o el uso de instrumentos de laboratorio. El proceso es complejo, y resulta inviable cuando se debe completar en campo. Esta línea de investigación, desarrollo e innovación apunta a definir y desarrollar aplicaciones basadas en ontologías para asistir en la determinación de especies a investigadores botánicos del NE de la provincia del Chubut. Estas aplicaciones deberán funcionar, tanto en laboratorio como en campo, sin seguir una secuencia preestablecida, ajustándose a las características reconocidas por el usuario.Eje: Ingeniería de SoftwareRed de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI